原内设机构计划生育基层指导司、计划生育家庭发展司、流动人口计划生育服务管理司三个与计划生育相关的内设机构，均已撤销，转而变成新的人口监测与家庭发展司；此外，老龄健康司、职业健康司、保健局为新设内设机构。
9月10日晚，据中国机构编制网，国家卫生健康委员会职能配置、内设机构和人员编制规定，即“三定”方案正式公布。
规定指出，国家卫生健康委员会是国务院组成部门，为正部级，下设内设机构21个，分别为：办公厅、人事司、规划发展与信息化司、财务司、法规司、体制改革司、疾病预防控制局、医政医管局、基层卫生健康司、卫生应急办公室（突发公共卫生事件应急指挥中心）、科技教育司、综合监督局、药物政策与基本药物制度司、食品安全标准与监测评估司、老龄健康司、妇幼健康司、职业健康司、人口监测与家庭发展司、宣传司、国际合作司（港澳台办公室）、保健局。
记者注意到，原内设机构计划生育基层指导司、计划生育家庭发展司、流动人口计划生育服务管理司三个与计划生育相关的内设机构，均已被撤销，转而变成新的人口监测与家庭发展司；此外，老龄健康司、职业健康司、保健局为新设内设机构。
根据规定，国家卫生健康委员会机关行政编制525名（含两委人员编制10名、援派机动编制4名、离退休干部工作人员编制29名）。设主任1名，副主任4名，司局级领导职数88名（含机关党委专职副书记1名、卫生健康监察专员10名、离退休干部局领导职数2名）。
