冷链物流行业有着非常广阔的市场前景，但是在实际中还存在很多问题制约着它的发展。
首先是核心技术相对落后，硬件设施发展滞后。与发达国家相比，我国的冷链硬件设施依然缺乏，设备分布不均，主要集中在沿海地带和发达城市；中西部设备却严重不足，发展相对滞后。在设备的种类和功能上发展也不平衡，大型的设备建设比较多，而中小型的冷库却少了很多。除此以外，我国的冷库设备相对老旧，大部分的储存设备功能不全，无法精准控制温度，在对接的过程中，因为设备质量良莠不齐，难以满足要求。
其次，冷链物流的成本相对较高，一般高于普通物流50%左右。近几年来，能源的价格不断升高，导致冷链物流的成本也不断上涨。冷链物流的设备水平不足，也使物流费用大幅增加。
同时，管理不当使得供应链服务存在脱节。冷链物流的最大的优势就是能够实现加工、储藏、运输和销售全程低温保存，但在实际当中，作业人员由于操作不规范、在管理上的不当，导致供应链脱节。
第一，对全程低温的观念认识不足，比如对一些农产品没有进行田间预冷，即便在运输中使用冷藏车，产品外表看似没有问题，内部已经开始劣变，致使其货架期缩短。
第二，一些企业为了节约冷链物流的成本，间断性地关闭制冷设备，造成冷链中断，可能对药品的成分造成了破坏，威肋、人类健康。
第三，冷链配套设施不健全，在中转的过程中，未能实现全程冷链。比如，冷藏车无法开到冷库中，在冷藏车停放地点到冷库这段距离，就造成了冷链中断；同样的问题还出现在生产地和冷藏运输车、销售点与冷藏运输车的对接上。第四，生产地缺少预冷设施导致全程冷链物流无法实现。很多冷冻的产品在卸货时，都是在常温状态下，再到经销商的冷藏设备中这段时间，冷链断链，对质量造成了影响，使保质期变短。
